Dix-neuviémiste et spécialiste de l’œuvre d’Honoré de Balzac, Stéphane Vachon a publié en 1992 Les Travaux et les Jours d’Honoré de Balzac (Presses du CNRS/PUV/PUM). 

Il a, depuis, dirigé, codirigé ou copublié La Recherche littéraire (XYZ/PUV, 1993 ; nouv. éd. augmentée, 1998), Itinéraires du dix-neuvième siècle I (Centre d’études romantiques Joseph Sablé, 1996), Balzac. Une poétique du roman (XYZ/PUV, 1996), Le Portatif d’histoire littéraire (UdeM, « Paragraphes », 1998), Itinéraires du dix-neuvième siècle II (Centre d’études romantiques Joseph Sablé, 2001), Réflexions sur l’autoréflexivité balzacienne (Centre d’études romantiques Joseph Sablé, 2002). 

Auteur d’un Balzac dans la collection « Mémoire de la critique » (PUPS, 1999), de Le Dernier Balzac (Du Lérot, 2001), de Les Rivalités d’Honoré de Balzac. Analyses et documents (Société des Amis de Balzac, 2007) et de 1850. Tombeau d’Honoré de Balzac (XYZ/PUV, 2007), préfacier de l’édition fac-similé du manuscrit d’Illusions perdues. Les Deux Poètes (Verdier, 2010), il a en outre donné au Livre de poche des éditions du Colonel Chabert (1994 ; nouv. édition, 2018), du Père Goriot (1995 ; nouv. édition, 2018), des Rivalités. La Vieille Fille, Le Cabinet des Antiques (2006), de César Birotteau (2018) dans la collection « Classiques de poche », et les Écrits sur le roman de Balzac dans la collection « Références » (2000). 

Il dirige la revue Études françaises depuis 2019. Il a obtenu le prix André-Laurendeau, remis par l’Acfas, en 2003.