Le Petit Manuel des études littéraires (pour une science générale de la littérature) (Montréal, VLB, 1977), manifeste sous forme de pamphlet, aura constitué le point de départ d'un enseignement et d'une recherche dont la visée première est celle de la rigueur scientifique. Il s'agissait de l'aboutissement de la thèse de doctorat de Guy Laflèche sur les Contes indiens de Stéphane Mallarmé: Mallarmé: Grammaire générative des "Contes indiens" (Presses de l'Université de Montréal, 1975). Dans cet ouvrage, les contes de Mallarmé et ceux de Mary Summer qui lui ont servi de "matière première" sont systématiquement étudiés de tous les points de vue immédiats (ou immanents) des études littéraires, de la stylistique à l'analyse thématique, profitant du support informatique, de la statistique lexicale, des modèles de la grammaire générative, bref des diverses pratiques de l'analyse structurale du texte littéraire. Au terme de ces travaux, Guy Laflèche caractérisait le langage poétique comme une troisième articulation du langage (en phonèmes, lexèmes et thèmes). L'étude narrative occupe l'essentiel de l'enseignement de Guy Laflèche depuis plus d'une vingtaine d'années. Ces cours sont donnés au niveau du baccalauréat et dans un séminaire d'études supérieures, où les étudiants collaborent à ce travail en traitant de questions particulières. Cette recherche a produit au cours des ans de très nombreux documents pédagogiques dont une première synthèse vient de prendre la forme d'un manuel: Matériaux pour une grammaire narrative (Laval, Singulier, 1999, 178 p.). L'horizon de ce travail est de faire l'histoire de la narration occidentale.

C'est dans l'analyse et l'édition critique des oeuvres de la Nouvelle-France que Guy Laflèche a le plus souvent appliqué ses recherches théoriques, sur des textes se situant à la frontière de l'œuvre littéraire et du document ethnographique. Une première étude narrative se trouve en tête de l'édition critique de la Relation de 1634 (Le Missionnaire, l'apostat, le sorcier, Presses de l'Université de Montréal, 1973). L'étude des textes relatifs aux saints Martyrs canadiens (Laval, Singulier, 1988-1995) forme une série de six volumes dont les cinq premiers font l'édition critique de la Vie de Jogues (1647) par Jérôme Lalemant et des Relations de 1649 et de 1650 (le martyre de Brébeuf et celui de Garnier) par Paul Ragueneau, avant de raconter l'histoire (le "martyre"!) des Hurons de Québec, de 1650 jusqu'à leur combat au Long-Sault en 1660, avec Dollard des Ormeaux qu'ils guidaient vers le convoi de fourrures de Radisson alors aux Grands Lacs.

Le second travail d'envergure entrepris depuis 1995 consiste à étudier les sources, la genèse et les réécritures des écrits des récollets de Nouvelle-France, du Voyage (1632) et de l'Histoire (1636) de Gabriel Sagard à la synthèse de Valentin Leroux faussement attribuée à Chrestien LeClercq (Premier Établissement de la Foi dans la Nouvelle-France, 1691). C'est dans ces perspectives peu souvent appliquées aux oeuvres de la Nouvelle-France que Guy Laflèche dirige ses étudiants de maîtrise et de doctorat.